Předmětem rekonstrukce budou jednak stavební úpravy: expozice a sály budou nově vytápěny po celý rok. Rozšíří se tak nabídka akcí v rámci cestovního ruchu ve městě. Rekonstrukcí skladových prostor získá muzeum nové sály pro přednáškovou, výstavní a edukační činnost. Nové bude i sociální zařízení a prostor pro odpočinek. Hrad bude alespoň částečně zbaven bariér, a to výstavbou výtahu ve spojovacím krčku mezi I. a II. nádvořím. Návštěvníci jistě uvítají i nové expozice, které představí 5 hlavních oblastí, typických pro Strakonice: textilní výroba, výroba motocyklů, zbraní a další prům. výroba ČZ, dudácká a loutkářská tradice. V prostorách bývalé komendy maltézského řádu vznikne zcela nová, v ČR jediná, expozice věnovaná historii a současnosti maltézského řádu ve spojení s historii města. Předmětem dotace je také restaurování nástěnných maleb a kamenných prvků v celém objektu.
„Samozřejmě tato rozsáhlá stavební činnost si vyžádá i jistě oběti, a to v podobě uzavření objektu na 3 roky. Expozice muzea budou uzavřeny 30.6. 2018, proběhne zde pouze výstava k I. sv. válce. Provoz kapitulní síně a ambitu bude ukončen k 31. 8. 2018. Muzeum přivítá návštěvníky až v druhé polovině roku 2021,“ upozorňuje ředitelka muzea PhDr. Ivana Říhová