Během uzavření vily, tedy po dobu rekonstrukce, zde budou probíhat také restaurátorské práce v interiérech, které zahrnují restaurování dřevěných podlah, čištění textilních prvků a výmalby. Předměty zapůjčené z Národní galerie a Uměleckoprůmyslového muzea budou odvezeny do depozitářů těchto institucí. Vzhledem k citlivosti památky probíhá rekonstrukce ve spolupráci i s orgány památkové péče. Dojde i k modernizaci zabezpečovacího systému a digitalizaci pro virtuální model, který bude zpřístupněn veřejnosti ve Studijním a dokumentačním centru Norbertov (vzdáleného několik desítek metrů od vily).
Ředitel Muzea Prahy Ivo Macek k tomu uvádí: „Naskenováním a vytvořením 3D modelu zajistíme kompletní digitalizaci a zároveň poprvé v historii bezbariérově zpřístupníme Müllerovu vilu pro širokou veřejnost s pohybovým omezením a zároveň chceme model nabídnout zdarma k dispozici ke studijním účelům pro fakulty architektury u nás i v zahraničí. Využijeme čas, kdy bude objekt uzavřen kvůli většímu stavebnímu zásahu na to, abychom vile opět navrátili její lesk, který se za 25 let provozu trochu vytratil.“
Celkové náklady na rekonstrukci a restaurátorské práce by neměly překročit 20 milionů korun. Na rekonstrukci přispělo i město Praha částkou 16 milionů korun. Prvním viditelným opatřením bude zřízení provizorního zastřešení nad celou vilou v první polovině února.
Znovuotevření vily je plánováno na přelom roku 2025/2026.
